Η ΔΕΠΑΘΑ προκειμένου να φέρει σε πέρας το έργο της είναι οργανωμένη σε οκτώ (8) Τμήματα, τη δραστηριότητα των οποίων συντονίζει ο Διευθυντής ΔΕΠΑΘΑ, βοηθούμενος από τον Υποδιευθυντή της Διευθύνσεως